Dr. Mario: Miracle Cure состоит из трех режимов: «Доктор Марио» - стандартная игра; «Доктор Луиджи» - по принципу режима «Операция L» из Dr. Luigi.

 А также «Антивирус», где необходимо попадать падающими капсулами на вирусы. 

Режим «Доктор Марио» наделен новой возможностью с названием «Чудесное исцеление». Раздобыть его вы сможете, когда заполните шкалу, которая находится возле бутылки. При чем каждое из исцелений уникально. К примеру, оно поразит все вирусы, а также мегавитамины одной расцветки, в виде бомбы может уничтожить все вирусы и мегавитамины, а может убрать один ряд или столбец. Если пожелаете, эту функцию можно отключить. 

Игра обладает мультиплеерным режимом, в котором есть онлайновый и локальный мультиплеер. В локальном присутствует две опции: «Локальная игра» позволит участвовать в игре двум геймерам с одной копией игры, а также «Скачиваемая игра», в которой геймер может подключиться с помощью 3DS download play к тому, у кого уже имеется копия игры. В этом случае вы сможете играть в классический мультиплеер «Доктор Марио» или же в каком-то из двух режимов «Антивируса».

Там, где необходимо сопоставить три капсулы для поражения всех вирусов, а также там, где работа в паре по уничтожению вирусов, есть уникальные Чудесные исцеления. Они позволяют, к примеру, ускорить процесс выпадения капсул противника или запрет противнику на вращение капсулы.