Сюжетная линия игры строится вокруг корпорации «Прометей», снабжающей электричеством всю планету.

 Деметрио Уоттс президент корпорации смог найти способ получать неограниченное количество энергии и продавать ее по доступной цене. Это сделало корпорацию «Прометей» монополистом. Население, являющееся клиентом Уоттса искренне верит в «светлое» и беззаботное будущее. Вот только не все так просто и на самом деле за доброжелательностью президента «Прометей» скрываются ужасные идеи и планы, которые могут стать для человечества роковыми. Но есть еще надежда – небольшая группа людей, знающих о намерениях Уоттса, сделают все от себя возможное, чтобы показать истинное лицо Деметрио и предотвратить печальный финал для всех жителей Земли. 

Игра соединила в себе классический подход «shmup»-игр с новыми идеями в виде обновления для кораблей, а также открытых уровней. В Project Root дается не так много жизней для выполнения каждого задания – лишиться же этих жизней очень просто. Плюс игры в том, что у игрока есть возможность свободного передвижения по уровню. А вот противник тоже имеет возможность атаковать под любым углом – это делает прохождение Project Root непростым. Здесь можно стрелять прямо и снизу по противникам, не представляющим особой важности. В случае с более сложными врагами, необходимы самонаводящиеся ракеты и лазеры, которые остаются от противника. В игре также можно приобрести жизни, защиту и множество других необходимых деталей.